Ege Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 1982 yılında kurulmuştur. Enstitünün amacı; bünyesindeki anabilim dallarında öğrenim gören lisansüstü öğrencilerinin bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleyerek algılayabilen, mesleklerinde uzmanlaşmış, ulusal ve uluslararası rekabete açık ve edindikleri bilgileri akademik yaşam, uygulama ve diğer alanlarda kullanabilen bireyler olarak yetişmelerini sağlamaktır. Bu amaçla enstitü; yurt içi ve yurt dışı kaynaklardan yüksek standarda sahip öğrenci sayısının artmasına yönelik dinamik bir lisansüstü program oluşturmak, temel ve uygulamalı araştırmalara önem vererek öncelikle disiplinlerarası araştırma faaliyetlerini desteklemek, üniversite-sanayi ve diğer sektörler arasında koordinasyonu geliştirerek uygulamaya yönelik sorunların çözümüne yardımcı olacak araştırmaları teşvik etmek ve uygulamada yaşanabilecek aksaklıklar ile doğabilecek engelleri ortadan kaldırmaya yönelik önlemleri zamanında alarak, uygun ortam oluşturmakla kendini yükümlü kılmaktadır.
Enstitüde, YÖK mevzuatında yer alan kriterleri taşımak kaydıyla, bahar ve güz dönemlerinde açık olan lisansüstü programlara öğrenci kabul edilmektedir.
Fen Bilimleri Enstitüsü; Fen, Ziraat, Mühendislik, Su Ürünleri, Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Eğitimi, Ortaöğretim Alan Öğretmenliği ve Çok disiplinli alanlarda 44 anabilim dalında Tezli Yüksek Lisans (84 adet), I. Öğretim Tezsiz Yüksek Lisans (7 adet), II. Öğretim Tezsiz Yüksek Lisans (7 adet) ve Doktora (78 adet) Programlarında lisansüstü faaliyetlerini sürdürmekte, çeşitli üniversiteler (yurtiçi-yurtdışı) ile ortak lisansüstü programlar yürütmekte, sanayiye yönelik eleman yetiştiren Sanayi Doktora Programları yürütmektedir. Enstitünün sunmakta olduğu lisansüstü eğitim programları:
(toplam lisansüstü program sayısı:176)
| Anabilim Dalı | Program Adı | ||
| Astronomi ve Uzay Bilimleri | Genel Astronomi Yüksek Lisans Programı | ||
| Genel Astronomi Doktora Programı | |||
| Astrofizik Yüksek Lisans Programı | |||
| Astrofizik Doktora Programı | |||
| Biyoloji | Botanik Yüksek Lisans Programı | ||
| Genel Biyoloji Yüksek Lisans Programı | |||
| Hidrobiyoloji Yüksek Lisans Programı | |||
| Moleküler Biyoloji Yüksek Lisans Programı | |||
| Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Yüksek Lisans | |||
| Programı | |||
| Zooloji Yüksek Lisans Programı Botanik Doktora Programı Genel Biyoloji Doktora Programı Hidrobiyoloji Doktora Programı Moleküler Biyoloji Doktora Programı Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Doktora Programı |
|||
| Zooloji Doktora Programı | |||
| Biyokimya | Biyokimya Yüksek Lisans Programı | ||
| Biyokimya Doktora Programı | |||
| Fizik | Atom ve Moleküler Fiziği Yüksek Lisans Programı | ||
| Atom ve Moleküler Fiziği Doktora Programı | |||
| Genel Fizik Yüksek Lisans Programı | |||
| Genel Fizik Doktora Programı | |||
| Katıhal Fiziği Yüksek Lisans Programı | |||
| Katıhal Fiziği Doktora Programı | |||
| Matematiksel Fizik Yüksek Lisans Programı | |||
| Matematiksel Fizik Doktora Programı | |||
| Nükleer Fizik Yüksek Lisans Programı | |||
| Nükleer Fizik Doktora Programı | |||
| İstatistik | İstatistik Yüksek Lisans Programı | ||
| İstatistik Doktora Programı | |||
| Kimya | Analitik Kimya Yüksek Lisans Programı | ||
| Analitik Kimya Doktora Programı | |||
| Anorganik Kimya Yüksek Lisans Programı | |||
| Anorganik Kimya Doktora Programı | |||
| Fizikokimya Yüksek Lisans Programı | |||
| Fizikokimya Doktora Programı | |||
| Organik Kimya Yüksek Lisans Programı | |||
| Organik Kimya Doktora Programı | |||
| Matematik | Matematik Yüksek Lisans Programı | ||
| Matematik Doktora Programı | |||
| Analiz ve Fonksiyonlar Teorisi Yüksek Lisans Programı | |||
| Analiz ve Fonksiyonlar Teorisi Doktora Programı | |||
| Bilgisayar Bilimleri Yüksek Lisans Programı | |||
| Bilgisayar Bilimleri Doktora Programı | |||
| Cebir ve Sayılar Teorisi Yüksek Lisans Programı | |||
| Cebir ve Sayılar Teorisi Doktora Programı | |||
| Geometri Doktora Programı | |||
| Geometri Yüksek Lisans Programı | |||
| Matematik Temelleri ve Matematik Lojik Yüksek Lisans | |||
| Programı | |||
| Matematik Temelleri ve Matematik Lojik Doktora | |||
| Programı | |||
| Topoloji Yüksek Lisans Programı | |||
| Topoloji Doktora Programı | |||
| Uygulamalı Matematik Yüksek Lisans Programı | |||
| Uygulamalı Matematik Doktora Programı | |||
| Ziraat Bilimleri Alanı | |||
| Bahçe Bitkileri | Bahçe Bitkileri Yüksek Lisans Programı | ||
| Bahçe Bitkileri Doktora Programı | |||
| Bitki Koruma | Entomoloji Yüksek Lisans Programı | ||
| Entomoloji Doktora Programı | |||
| Fitopatoloji Yüksek Lisans Programı | |||
| Fitopatoloji Doktora Programı | |||
| Peyzaj Mimarlığı | Peyzaj Mimarlığı Yüksek Lisans Programı | ||
| Peyzaj Mimarlığı Doktora Programı | |||
| Süt Teknolojisi | Süt Teknolojisi Yüksek Lisans Programı | ||
| Süt Teknolojisi Doktora Programı | |||
| Tarım Ekonomisi | Tarım Politikası ve Yayım Yüksek Lisans Programı | ||
| Tarım Politikası ve Yayım Doktora Programı | |||
| Tarım İşletmeciliği Yüksek Lisans Programı | |||
| Tarım İşletmeciliği Doktora Programı | |||
| Tarım | Makinaları | ve |
Tarım Makinaları ve Teknolojileri MühendisliğiYüksek |
| Teknolojileri Mühendisliği | Lisans Programı | ||
| Tarım Makinaları ve Teknolojileri Mühendisliği Doktora | |||
| Programı | |||
| Tarımsal Yapılar ve Sulama | Tarımsal Yapılar ve Sulama Yüksek Lisans Programı | ||
| Tarımsal Yapılar ve Sulama Doktora Programı | |||
| Tarla Bitkileri | Tarla Bitkileri Yüksek Lisans Programı | ||
| Tarla Bitkileri Doktora Programı | |||
| Agronomi Yüksek Lisans Programı | |||
| Agronomi Doktora Programı | |||
| Bitki Islahı ve Genetiği Yüksek Lisans Programı | |||
| Bitki Islahı ve Genetiği Doktora Programı | |||
| Çayır-Mera ve Yem Bitkileri Yüksek Lisans Programı | |||
| Çayır-Mera ve Yem Bitkileri Doktora Programı | |||
| Zootekni | Hayvan Yetiştirme Yüksek Lisans Programı | ||
| Hayvan Yetiştirme Doktora Programı | |||
| Yemler ve Hayvan Besleme Yüksek Lisans Programı | |||
| Yemler ve Hayvan Besleme Doktora Programı | |||
| Biometri-Genetik Yüksek Lisans Programı | |||
| Biometri-Genetik Doktora Programı | |||
| Toprak | Bilimi ve | Bitki |
Toprak Bilimi Yüksek Lisans Programı |
| Besleme | Toprak Bilimi Doktora Programı | ||
| Bitki Besleme Yüksek Lisans Programı | |||
| Bitki Besleme Doktora Programı | |||
| Mühendislik Bilimleri Alanı | |||
| Bilgisayar Mühendisliği | Bilgisayar Mühendisliği Yüksek Lisans Programı | ||
| Bilgisayar Mühendisliği Doktora Programı | |||
| Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ortak Doktora | |||
| Programı (İzmir Yüksek Teknoloji Ünv.ile) | |||
| Bilgisayar Mühendisliği II.Öğretim Tezsiz Yüksek | |||
| Lisans Programı | |||
| Elektrik-Elektronik | Elektronik Yüksek Lisans Programı | ||
| Mühendisliği | Elektronik Doktora Programı | ||
| Elektrik Yüksek Lisans Programı | |||
| Elektrik Doktora Programı | |||
| Gıda Mühendisliği | Gıda Mühendisliği Yüksek Lisans Programı | ||
| Gıda Mühendisliği Doktora Programı | |||
| İnşaat Mühendisliği | İnşaat Mühendisliği Yüksek Lisans Programı | ||
| İnşaat Mühendisliği Doktora Programı | |||